元气骑士挑战因子分为正面、负面和中性三类，总计59个普通挑战因子，联机模式还可开启周挑战因子，各类因子组合能极大改变地牢闯关难度与玩法策略。
正面挑战因子以增益效果为主，能显著提升角色战斗能力。无限能量因子可快速回复能量，近乎实现能量自由，适配高能耗武器与技能流玩法。配件大师因子让所有可装配配件的武器自带一个配件，相当于常驻武器大师效果，大幅强化武器性能。疯狂匕首因子提升100%暴击伤害，将暴击伤害从200%增至300%，搭配高暴击武器可打出爆发输出。越战越勇因子下连续击败敌人会逐步强化角色，连续击败6个敌人后护甲回复速度加快，适合清图节奏快的玩法。特卖日因子让商店刷新高阶武器，天赋自助餐因子增加天赋选择数量，宠物巨大化因子大幅提升宠物攻防，都是实用性极强的正面因子。
负面挑战因子会增加闯关难度，考验玩家应对策略。肌肉强化术因子使攻速减半但攻击力翻倍，蓄力武器蓄力速度减慢，适合咖喱棒、一拳等高额单次伤害武器，需避开依赖攻速的武器。近战限定因子强制只能使用近战武器，不符合条件的武器会被替换为铲子，需提前准备高伤害近战武器并搭配近战强化天赋。孤勇者因子禁止宠物、佣兵及召唤类武器生效，幻影法杖、死灵法杖等无法使用，需转为纯角色输出玩法。元素异常因子让角色受攻击时触发随机元素异常，极易导致暴毙，需携带对应元素护盾或提升走位规避伤害。人海战术因子使小怪数量翻倍，虽利于刷蓝币，但会大幅提升生存压力，需选择清场能力强的武器。
中性挑战因子影响游戏规则或环境，改变闯关体验。巨大化与缩小隧道因子互斥，分别增大或缩小角色与敌人体型，影响攻击判定与走位空间。双领主因子让关卡最终出现两个领主，需合理分配输出，优先击杀威胁高的领主。配置错误因子使每个房间仅出现相同小怪，可能遇到高威胁怪物扎堆，需针对性调整武器与天赋。时间流速不稳定因子会随机改变关卡流速，时而快时而慢，需灵活适应节奏变化。闪现的敌人因子让敌人受伤时有概率瞬移，增加命中难度，需选择追踪类或范围伤害武器。
挑战因子存在互斥规则，如无限能量与能量衰弱、攻速强化术与肌肉强化术无法同时出现，搭配时需避开冲突组合。获取上，单人模式可通过任务栏接受每日挑战，或在警官处消耗蓝币刷新，联机模式可无限次免费刷新，合理利用刷新机制能搭配出适配自身玩法的因子组合。闯关时需根据因子特性调整策略，正面因子放大优势，负面因子规避短板，中性因子适应变化，才能高效通关。
