第二银河军团占领星系核心是打赢主权战，按“选目标→宣战备战→交战破塔→决战定胜负→宣告拿主权→防守巩固”六步走，全程围绕3座中枢护盾稳定塔与控制中枢展开，战术配合和舰队配置是关键。
占领星系的前提是选对可争夺目标。军团先在星图开启战争状态筛选，锁定标注“可争夺”的星系，这类星系多由海盗、军阀或弱势力控制，无免战期或战争中状态。优先挑富饶度适中、相邻星系少的目标，降低多线作战压力。选好后由有权限的军团长在星系界面点“战争-宣战”，支付与富饶度、开发等级挂钩的费用，正式开启主权战。宣战后进入3小时备战阶段，双方只能部署舰队、调整配置，无法攻击设施，进攻方必须抓紧时间集结高火力舰船，准备稳定塔干扰器与设施护盾干扰器，这两类装备是破防稳定塔的核心。
交战阶段是主权战的首个关键战场，目标是摧毁3座中枢护盾稳定塔中的至少2座。稳定塔自带建筑级护盾，常规攻击无效，必须部署干扰器降低其抗性。进攻方需分兵三路，每路部署干扰器并配足火力舰船，同时防范防守方突袭干扰器。防守方则会集中兵力摧毁进攻方干扰器，若在2座稳定塔被破前毁掉2座干扰器，可直接防守成功。因此进攻方要分工明确，一路主攻、一路掩护、一路机动支援，快速压制稳定塔护盾，达成破塔条件后进入休战阶段。
休战阶段时长24-48小时，由防守方设定，期间所有稳定塔与干扰器不可攻击，双方借机休整、补充舰船、调整战术。进攻方要总结交战阶段的不足，优化舰队编组，比如增加电子战舰船干扰敌方锁定，补充维修舰保障续航；同时侦查防守方兵力部署，预判其决战防御重点。防守方则会加固剩余稳定塔防御、布置伏击阵型，双方都为决战做最后准备。
决战阶段规则与交战阶段一致，但必须分出胜负，是占领星系的核心决战。进攻方需再次全力攻击稳定塔，这次要彻底摧毁2座稳定塔的装甲，使其失去功能。防守方会拼死防守，利用地形和火力优势阻拦进攻。若进攻方成功摧毁2座稳定塔，星系控制中枢的无敌力场解除，进入宣告阶段。此时进攻方需派精锐舰船抢占中枢，持续交互3分钟不被打断，即可成功占领星系；若30分钟内无人完成交互，主权默认归进攻方。
成功占领星系后并非结束，需做好巩固防守与开发运营。星系进入24小时免战期，期间无法被宣战，军团可优先部署军团枢纽，这是其他设施的前置建筑。接着建造防御设施、资源采集设施，提升星系开发度，开发度越高，设施耐久和资源产出越多。同时组建常备防守舰队，定期巡逻，防范敌方反攻；合理控制占领星系数量，避免维护费过高影响资源产出，平衡扩张与运营，才能稳固星系主权。
