舰载机只能在基地范围内完成装载操作，进入舰队编辑界面选中带有载机模块的舰船，点击机库选项，将机库内空闲的舰载机分配至对应槽位，确认配置后即可完成舰载机装载，已经驶出基地的舰队无法临时更换舰载机编队。整套操作分为前置准备、槽位匹配、编队微调三个环节，每一步都有对应的限制条件，忽略规则会直接出现搭载失败的提示。
装载之前先要确认两项基础条件，第一是舰载机已经生产完毕，存放在基地总机库当中，处于出战状态或者正在维修的舰载机无法再次分配给其他母舰。第二是所选舰船本身带有可用的机库模块，普通护卫舰、巡洋舰没有载机槽位，只有航母、载机驱逐舰、载机巡洋舰才能够搭载战机与护航艇。部分舰船拥有多组独立机库，不同机库区分战机槽和护航艇槽，两种机型不能跨槽位强行装载，强行拖拽不会产生任何装配效果。
进入舰船机库配置页面之后，可以选择自动分配和手动配置两种模式。自动分配会按照系统默认方案填满所有空位，适合前期快速编组，缺点是不会区分战术定位，搭配容易杂乱。手动配置需要逐个点击空白槽位，从左侧机库列表挑选对应的舰载机填入，玩家可以根据作战目标调整组合，防空战机、对舰轰炸机、功能型护航艇分开编组。配置时留意单槽舰载机编队数量上限，超出数量上限的舰载机无法部署到槽位之中。
舰载机装载完成不等于配置完全结束，还需要搭配舰船模块强化与舰载机蓝图加点来提升实战效果。载机母舰优先点出机库相关的模块属性，缩短舰载机返航冷却，提升战机命中和伤害加成；舰载机按照定位分配技术值，防空机型优先拉高锁定速度，对舰轰炸机强化单发伤害与穿透属性。每次调整舰载机搭配之后，需要保存舰队方案，避免退出界面之后配置重置，外出作战的舰队返航基地后，才能够再次修改舰载机组合。
